Conformada por selvas secas, bosques de pino, encino y vegetación de montaña. Existen matorrales y pastizales, generalmente mezclados entre las selvas, cercanos a la planicie costera. Cuenta con áreas naturales protegidas, las más significativas son: El Jabalí, Las Huertas, Playas Volantín-Tepalcates y Chupadero-Boca de Apiza, Laguna Amela y el Volcán Nevado de Colima. Las actividades agrícolas ocupan 32% de la superficie de la entidad.
En los bosques y matorrales: ardilla, murciélago, zorra gris, musaraña, tecolotito, conejo, coyote, zorrillo, puma y tlaconete. En la selva: mapache, cacomixtle, tlacuache, armadillo, jaguarundí, nutria, coatí, venado, pecarí y urraca. En ambientes acuáticos: agujón, dorado, tiburón, mantarraya, delfín, ballena jorobada y lapa. Animales en peligro de extinción: oso hormiguero, ocelote, tigrillo, tortugas golfina y verde.
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